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熊读文献｜染色体不稳定性，凭什么2022年还能用TCGA数据发Nature？ by 熊言熊语 写在前面2022 年 6 月 15 日，Nature 在线发表了两篇染色体不稳定性泛癌研究。一篇题为：A pan-cancer compendium of chromosomal instability；另一篇题为：Signatures of copy number alterations in human cancer。

远古木乃伊与现代医学成像的呼应｜不止于艺术 by 赛先生 我们看到安吉拉·帕尔默（Angela Palmer）的作品往往是理智的、严谨的，但透过作品望向内心时，会发现作为女性，柔情才是她的底色。2006年夏天，牛津阿什莫林博物馆开展了一期古埃及木乃伊主题展。在展览中，有一具特殊的木乃伊始终牵动着艺术家安吉拉的心，他躺在众多木乃伊中，体积幼小、包裹精致。阿什莫林木乃伊， 来源：www.

微信版大语言模型：论文、API接口、在线试玩网站……一应俱全 by cnbeta 大规模语言模型， 微信版，来了！并且甫一登场，就没藏着掖着：论文、API接口、在线试玩网站……一条龙全都齐备。续写文本、阅读理解等常规任务就不说了，这个名叫 WeLM的AI，竟然直接让我和李白跨时空聊起了杜甫：

椰树用大胸女主播后，舆论反转了！ by 财经三分钟 椰树又上热搜了。

梁朝伟或加盟《鱿鱼游戏》第二季 已与黄东赫见面 by cnbeta 昨日，刘嘉玲在社交平台分享了丈夫梁朝伟与导演黄东赫的会面照片，并配文：“准备好参加《鱿鱼游戏》了吗？”同时@了鱿鱼游戏官方账号。而不久后，刘嘉玲再次更新个人社交主页，晒出了自己、梁朝伟以及黄东赫的三人合影，并发文：“让我们来玩‘鱿鱼游戏’吧！”

谁说肿瘤高表达基因就是生存风险因子（学徒作业） by 生信技能树 非常多的粉丝在我们生信技能树后台留言询问，为什么他/她关注的基因明明是癌基因，明明是在肿瘤病人高表达（TCGA数据库搜索后的结果），但是却发现它对生存的影响居然是保护因子！（同样的网页工具）所以我这里安排一个学徒作业，大家需要去下载TCGA数据库的BRCA这个癌症的芯片和RNA-seq的表达矩阵，分别进行差异分析，拿到统计学显著的上下调基因列表。同样的，根据表达量把病人分成高低表达两个组后进行生存分析，这里主要是COX方法，把基因区分成为风险因子和保护因子。然后把两次分析的基因列表取交集，会拿到9个基因集，加油！当然了，你还可以把这个任务继续细化，比如可以把基因区分成为编码和非编码的，然后BRCA本身可以区分成为4个亚型，分开分析。关于TCGA数据挖掘我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图）3、探索各类肿瘤与对照的全局（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（差异分析流程）4、探索各类肿瘤中两个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平相关性（散点图）5、探索各类肿瘤中多个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平总结（热图）6、探索各类肿瘤中单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）与所有其它分子相关性并且排序7、探索各类肿瘤中单个基因突变或者单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的预后（生存曲线）8、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）分组后的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）特性的分布关于TCGA数据库TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括：DNA SequencingmiRNA SequencingProtein Expression arraymRNA SequencingTotal RNA SequencingArray-based ExpressionDNA MethylationCopy Number array知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具，比如：Broad Institute FireBrowse portal, The Broad InstitutecBioPortal for Cancer Genomics, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center关于生存分析我已经在生信技能树公众号已经多次介绍过生存分析:集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗生存分析时间点问题寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值apply家族函数和for循环还是有区别的（批量生存分析出图bug）TCGA数据库生存分析的网页工具哪家强关于差异分析B站视频，几乎一半，都是围绕差异分析来的。转录组的上游分析视频以及代码资料在：https://share.

大规模-高通量-多组学-居然只能把食管癌分成两个亚型 by 生信技能树 最近在朋友圈刷到了2021年8月份发表在Nature Communications杂志的文章，标题是：《Large-scale and high-resolution mass spectrometry-based proteomics profiling defines molecular subtypes of esophageal cancer for therapeutic targeting》，我就下载看了看，研究者们对124对食管癌患者的肿瘤和配对癌旁组织进行了蛋白质组学和磷酸蛋白质组学分析，揭示了EC中失调的蛋白质和磷酸化位点，并根据蛋白质组分析将EC分为S1和S2两个分子亚型。

这两个科研插件，解决 99% 的文献下载问题！ by 科研论文时间 文献下载链接直达，影响因子显示，一键网页翻译，中国知网 pdf 文件下载，对于很多科研工作人员来说这都是必备功能。

《自然·医学》：MSKCC科学家发布迄今最大直肠癌分子研究成果！ by 奇点肿瘤探秘 *仅供医学专业人士阅读参考

《侏罗纪世界》女主角自曝曾拒绝减肥获导演谅解 by cnbeta 主演《侏罗纪世界》三部曲的布莱斯·达拉斯·霍华德（Bryce Dallas Howard）首度公开自己曾收到指示，要求她为《侏罗纪世界3》减肥。霍华德未指明是哪位领导关心她的体重。《侏罗纪世界3》为环球影业赚取了近十亿美元票房，仅次于《壮志凌云2》，暂列年度票房亚军位置。